20世紀(jì)90年代,全球多個(gè)研究實(shí)險(xiǎn)室的科研人員投入了數(shù)百萬工時(shí),繪制完成了第一個(gè)完整的人類基因組序列。從那時(shí)起,在基于多種創(chuàng)新方法的一系列自動(dòng)化儀器的幫助下,個(gè)人 DNA 測(cè)序的成本和時(shí)間大幅降低了多個(gè)數(shù)量級(jí)。就某種程度而言,所有這些儀器實(shí)際都依賴于通常以激光為光源的熒光檢測(cè)。
起初,市場(chǎng)對(duì)人類基因測(cè)序的需求并不大。而目前市場(chǎng)對(duì)這種應(yīng)用的需求迫切、增長迅速,有這樣幾個(gè)原因。商業(yè)化的族源分析現(xiàn)在成為了一個(gè)主要應(yīng)用領(lǐng)域。這種需求在美國尤其旺盛,因?yàn)槊绹泻艽笠徊糠秩丝谑?0 世紀(jì)來到這里的移民后代。他們中的許多人現(xiàn)在希望通過分析了解自己的地域沿襲狀況和族譜情況。
在中國,產(chǎn)前基因篩查現(xiàn)在發(fā)展迅速。許多父母傾向于通過簡單的抽血來對(duì)母親的 DNA 進(jìn)行基因分析,而不再是采用從羊膜腔抽取羊水這種雖然低風(fēng)險(xiǎn)但非零風(fēng)險(xiǎn)的方法。這特別適合高齡產(chǎn)婦(> 40 歲),因?yàn)樗齻兊膵雰嚎赡苊媾R較高的出生缺陷風(fēng)險(xiǎn)。測(cè)序也被作為一種法醫(yī)工具而廣泛使用。在許多國家/地區(qū),任何被判有某種罪行的罪犯的 DNA 都會(huì)經(jīng)過分析并被存儲(chǔ)在國家數(shù)據(jù)庫中,通過對(duì)當(dāng)前犯罪活動(dòng)甚至過去犯罪活動(dòng)中檢測(cè)到的 DNA 進(jìn)行分析,然后與已有的 DNA 數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì)。事實(shí)證明,這對(duì)解決“懸案”以及為過去被誤判的人洗脫罪名方面極其有用。
如前所述,目前多種基于激光熒光技術(shù)的方法被用于商業(yè)化的測(cè)序儀器中。Coherent相干公司獨(dú)有的光泵半導(dǎo)體激光器 (OPSL) 專利技術(shù)具有很多突出特性,使其非常適合用于測(cè)序中的熒光激發(fā)。
與許多早期激光器不同,OPSL 技術(shù)具有靈活的功率擴(kuò)展性。這使得激光器的功率范圍可以從幾毫瓦擴(kuò)展到幾十瓦。對(duì)于適合基因測(cè)序的激光器而言,Sapphire系列是其中的代表。該系列于十多年前推出,是第一款提供藍(lán)光(488 nm 波長)的固態(tài)激光器,輸出功率達(dá)數(shù)十毫瓦?,F(xiàn)在其功率高達(dá) 500 mW、體型小巧、功耗低且傳導(dǎo)冷卻簡單。(相干公司近期宣布了該系列激光器出貨量業(yè)已突破50,000臺(tái)這一里程碑式的成就)
圖 1.目前,大多數(shù) DNA 測(cè)序方法依賴于激光熒光技術(shù),不同的熒光染料分別表示四種不同的核苷酸 (ACGT)。
功率有什么重要意義?作為具有商業(yè)前景的領(lǐng)域,DNA 測(cè)序的發(fā)展有賴于檢測(cè)速度的大幅提升以及相應(yīng)檢測(cè)成本的大幅降低。速度提升主要是并行處理和自動(dòng)化產(chǎn)生的結(jié)果;第一次人類基因組測(cè)序是按順序進(jìn)行的,而今天的技術(shù)可以做到同時(shí)對(duì)數(shù)千個(gè)較短的基因組片斷進(jìn)行測(cè)序。簡而言之,并行記錄數(shù)千個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)實(shí)質(zhì)上意味著直接或間接地分散降低了激光功率。因此,要獲得可接受的信噪比且避免長時(shí)間的數(shù)據(jù)采集,就需要更高的激光功率。
圖 2.OPSL 技術(shù)具有波長靈活性,可使用許多標(biāo)準(zhǔn)波長的激光,并可根據(jù)要求提供定制 OEM 波長。
OPSL 技術(shù)的另一個(gè)重要特性是波長靈活性。氣體激光器和早期固態(tài)激光器僅限于原子物理學(xué)確定的固定頻率。而OPSL 是基于半導(dǎo)體芯片,其輸出波長可以在很寬的光譜范圍內(nèi)進(jìn)行定制:從紫外波長到近紅外波長。這一點(diǎn)很重要,因?yàn)闇y(cè)序取決于能否通過激光激發(fā)四種化學(xué)標(biāo)記(熒光染料)中的熒光,它們分別針對(duì)四種 DNA核苷酸 ACGT 中的一種。測(cè)序的精準(zhǔn)度取決于能否區(qū)分四種熒光染料,測(cè)序速度取決于能否高效激發(fā)它們。充分提高儀器效率意味著讓激發(fā)波長去匹配每個(gè)標(biāo)記的最大吸收峰,而不是嘗試反向匹配。相干公司的 OBIS 激光器可以提供20多種不同的波長,智能化、“即插即用”的標(biāo)準(zhǔn)配置,可實(shí)現(xiàn)儀器的快速集成和開發(fā)。此外,大多數(shù)OBIS激光器都提供自由空間或光纖偶合輸出選項(xiàng),這進(jìn)一步簡化了它們?cè)诋?dāng)下和未來測(cè)序儀器中的使用。
作者:
姚建武,michael.yao@coherent.com
Matthias Schulze, matthias.schulze@coherent.com
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